新疆冠农果茸股份有限公司是由新疆生产建设兵团农业建设第二师二十八团、二十九团、三十团、农二师永兴供销有限责任公司、农二师天润农业生产资料有限责任公司五家国有法人单位于1999年12月30日联合发起设立的股份有限公司。2003年5月26日经中国证监会核准，成功发行了4000万社会公众股，募集资金2.16亿元。2004年6月，公司实施资本公积每10股转增5股方案，公司总股本由12000万股增至18000万股。2008年3月，公司实施资本公积每10股转增3股方案，公司总股本由18000万股增至23400万股。
2004年，公司被国家农业部等八部委确认为“农业产业化国家重点龙头企业”;2005年，被兵团评为“兵团农业产业化经营优秀龙头企业”; 2006年，被国家林业局确认为“林业产业化龙头企业”;2006年11月，被国家商务部确认为“双百市场工程”流通企业。
公司目前拥有7个控股子公司、2个参股公司。7个控股子公司分别为：新疆冠农果蔬食品有限责任公司，巴州冠农棉业有限责任公司，新疆绿原糖业有限公司，新疆冠农天府房地产开发有限公司，库尔勒冠农绿城果业有限责任公司，新疆冠农进出口有限公司，新疆冠农科技有限公司。2个参股公司为：国投新疆罗布泊钾盐有限责任公司（冠农股份持有20.3%的股权）、国电新疆开都河流域水电开发有限公司（冠农股份持有25%的股权）。
2008年5月21日，公司向5家特定对象的境内投资者以58元/股非公开发行股票740万股，实际募集资金4.09亿元。每股58元（以1.8亿股复权发行价为75.4元/股），创中国证券市场非公开发行价之最，表明资本市场对冠农股份的充分信任，对冠农股份产业发展的信心。募集资金到位后，冠农股份将投资17361万元参与国投罗钾增资扩股用于补充120万吨钾肥项目建设资本金，投资8375万元参与开都河水电公司增资扩股，用于补充察汗乌苏30万KW水电站项目建设资本金，投资6356万元对全资子公司绿原糖业增资，用于3万吨酒精技术改造项目，投资8000万元用于补充公司流动资金。
冠农股份上市后，依托新疆丰富的果蔬资源、矿产、水电资源，积极融入到优势资源转换战略中去，构建了以果蔬加工、甜菜制糖、棉花加工为主体的农业资源开发板块和以钾盐开发、开都河水电开发为主体的矿产、水电资源开发板块，形成了超常规、跨越式发展的产业格局。增发项目的完成，将为冠农股份的产业发展奠定坚实的基础，促冠农产业腾飞。